前一篇文章我们向大家详细讲述了《永乐大典》的编纂历程及文献价值，今天我们继续来讲《永乐大典》所经历的沧桑浩劫。
该书在永乐年间纂修完成后，只抄录了一部，叫做“永乐正本”，到了嘉靖朝，怕大典有损，又重录了一部，称为“嘉靖副本”。因为两部大典都深藏在皇宫中，没有刊印，流传稀少，在朝代更迭、内忧外患中被偷盗、抢掠、焚烧，“正本”早在明朝灭亡前便已消失不见，“副本”到目前为止也只剩下400余册。
乾隆三十八年（公元1772年），清政府修《四库全书》﹐发现《永乐大典》已遗失缺失2422卷，约千余册，只留下九千多册。原来，早在雍正年间，翰林院的学士们就能够随意借阅《永乐大典》了，还可以借回家阅读，许多人借后不还。许多太监也纷纷将《永乐大典》偷盗出宫。道光之后，《永乐大典》更是被弃置在翰林院，无人过问，翰林院的官员则趁此机会窃书不少。另外，宫外的民间市场也热衷于收购流散的副本，外国收藏者也逐步介入，以十两银子一册的高价暗中收购，更加剧了嘉靖副本的失佚。
咸丰十年（公元1860年），英法联军侵占北京，翰林院遭劫掠，丢失大量《大典》。
光绪元年（公元1875年），修缮翰林院建筑时，清查《大典》不足5000册，《永乐大典》之所以迅速流失，主要是职员监守自盗。
光绪二十年（公元1894年）六月，翁同龢入翰林院清查时仅剩800册。
光绪二十六年（公元1900年），翰林院被义和团的拳民焚毁，《永乐大典》损坏三百余册。
光绪二十七年（公元1901）六月十一日，英使馆交回《大典》330册。不久又遭到监守者瓜分。最后，翰林院仅剩的64册被同治十三年（1874）状元、清末大臣陆润庠运回府中。清末筹建京师图书馆，学部提议将翰林院残存的《大典》移交京师图书馆庋藏，但未及办理。1912年，中华民国政府成立，周树人（鲁迅）任教育部社会教育司第一科科长，主管图书馆、博物馆等部门的工作。在他的建议和努力下，教育部咨请国务院，将翰林院所存《大典》残本送归教育部，交由京师图书馆储藏，获国务院批准。教育部当即派员前往陆润庠处，将64册《大典》运至教育部。除4册置于教育部图书室展览外，另60册送往京师图书馆，这是国家图书馆入藏的第一批《大典》。
现今《永乐大典》仅400余册、800余卷，分散于8个国家和地区的30多个公私藏家手中。目前国家图书馆共收藏《永乐大典》224册（其中62册现暂存于台北故宫博物院），占存世《永乐大典》的一半以上。
《永乐大典》是汉文古籍中最珍贵的类书，孤本秘籍，佚而仅存，弥足珍贵。